Южный храм — самый маленький. Он действующий, весь отреставрирован и уже ни чем не отличается от современных церквушек. 
Средний храм также крестовокуполыный и незначительно уступает по масштабам Северному. Находился на северной окраине жилой части городища. Восстанавливался и несколько перестраивался монахами в конце XIX в. Был возведён из больших, тщательно обтёсанных блоков и плит на прочном известковом растворе. По мнению отдельных специалистов, он первоначально задумывался в более архаичном виде так называемого «свободного креста» с двумя равными по длине ветвями. В ходе строительства к центральной абсиде были пристроены 2 боковые. Западный рукав был удлинён на размер модуля храма. Особенность сооружения состоит в том, что западная ветвь креста была несколько шире восточной. Центральный вход храма оформлен в виде высокого портала с арочным завершением. Интересные подковообразные люнеты имелись над северным и южным входами. Подкупольный квадрат — правильной формы со сторонами 3,8 м. Длина храма 21,5 м, ширина 13,25 м. Высота от пола до пяты купола —15 м. Диаметр барабана и его высота с куполом по 4 м. Храм отличается размерной пропорциональностью элементов и деталей. 
Из внутренних деталей в алтарной части отмечались остатки престола, выявленные раскопками братьев Нарышкиных в 1867 г., и синтрон. На стенах — пилястры. В своде были устроены голосники. 
В интерьере также были фрески с великолепными образами и орнаментальными фризами. Сегодня образы росписи устанавливаются в основном также только по старым описаниям и рисункам Д. М. Струкова. Орнаментальные элементы прослеживались в различных частях храма и представляли собой комбинации разноцветных линий, геометрических элементов. Было также изображение креста в круге из плетенки, а между окнами барабана — фриз в виде извивающегося растительного побега со стилизованными пальметтами и листьями. 
По астрономическим расчетам А. А. Демакова и И. Л. Чумака храм мог быть заложен в праздник Преображения господня. После восстановления монахами Александро-Афонского Зеленчукского монастыря он был освящен в честь Святой и живоначальной Троицы. И в настоящее время во второй день этого праздника — в День Святого Духа — в храме совершается молебен. 
Северный и Средний объединяет сходство архитектурного решения общей формы и элементов. Это указывает на их стилистическую и хронологическую близость.